实验教学中心实施现代化、规范化的管理，建立、修订了各种规章制度，使实验室的安全、卫生、实验准备、仪器购置等各项日常工作都有章可循。中心还制定了详细的人员岗位责任制、工作考核制度、实验技术人员聘任制、安全卫生管理制度、中心运行经费管理规定、仪器管理规定等，各实验室有实验室规则、安全卫生制度、学生守则等管理制度。此外还有实验室工作日志、开放实验记录、借物与损坏仪器记录、安全与卫生记录、仪器使用记录等。